会社や個人で決算を締めてから引っ越した場合はどこに申告書を提出すればいいのでしょうか。

例えば個人事業者で2/1に事務所を移転した場合。

会社であれば3月決算法人が、4/1に本店移転した場合。
いずれも引っ越し後の住所を所轄する税務署に提出します。 国税であればどこに提出しても同じなので、引っ越し後の住所の方が便利だからかも知れません。
では住民税は？

法人住民税は事業年度末、先ほどの例で言うと3月末を基準にして旧住所に提出します。

個人住民税は1/1に住民票があるところで課税されるので、年の途中の引っ越しは気にしなくて結構です。
会社の場合がややこしいのでまとめると「税務署は提出する時点の本店所在地、法人住民税は決算期末の本店所在地」と別々の住所として出すイメージになります。